Em 30 de março de 1989, o Tribunal Regional Federal da 3.ª Região foi instalado, em sessão solene, presidida pelo Ministro Washington Bolivar de Brito, Vice-Presidente do Tribunal Federal de Recursos, no Edifício Saldanha Marinho. O imóvel havia sido cedido pelo Governo do estado de São Paulo.
O Edifício Saldanha Marinho está localizado na cidade de São Paulo, à rua Líbero Badaró, 39 - Largo São Francisco, atualmente sede da Secretaria de Estado dos Negócios da Segurança Pública de São Paulo. Projetado pelo arquiteto carioca e radicado em São Paulo Elizário da Cunha Bahiana e realizado pelo arquiteto Dácio Aguiar de Moraes. O edifício foi o primeiro modelo em estilo Art Déco no Brasil, concluído em 1933.
O imóvel é tombado pelo Condephaat - Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico, Artístico, Arqueológico e Turístico.

Em 22 de fevereiro de 1999, o então Presidente do Tribunal Regional Federal da 3.ª Região, Jorge Scartezzini, inaugurou a nova sede do TRF3, situada à Avenida Paulista nº 1.842, - Edifício Torre Sul, no Bairro da Bela Vista, na cidade de São Paulo/SP.
O prédio conta com 46.854 m2 de área útil e 30 pavimentos. Referido imóvel foi obtido através de permuta com a Caixa Econômica Federal.