Os artigos 427 e 428 do Código de Processo Penal preveem, como uma das hipóteses do cabimento de desaforamento (transferência de foro de um processo), quando houver dúvida sobre a imparcialidade do júri e, sob este fundamento, sendo deferido mediante a ponderação entre o princípio do juiz natural e a garantia de imparcialidade do órgão julgador.
No dia 19 de abril de 2007, o Ministério Público Federal, requereu o desaforamento do julgamento da ação penal nº 2003.60.02.00374-2, em trâmite na 1ª Vara Federal de Dourados/MS, para o Tribunal do Júri da Seção Judiciária de São Paulo, requerimento feito a Exma. Desembargadora Federal Diva M. Malerbi, presidente do Egrégio Tribunal Regional Federal da 3ª Região (Órgão Especial), com fulcro no artigo 424 do CPP (atual artigo 427, após as alterações introduzidas pela Lei nº 11.689/08), por existirem motivos suficientes que resultariam em fundada dúvida sobre a imparcialidade do júri na Seção Judiciária de Dourados e nas Seções Judiciárias contíguas.

Principais atos praticados naquela ação penal:
Quatro réus foram denunciados pela prática de violentos ataques contra os indígenas Guarani Kaiowá da Terra Indígena Takuara, ocorridos nos dias 12 e 13 de janeiro de 2003, na Fazenda Brasília do Sul em Juti/MS, tendo tais fatos delituosos recebidos diversas qualificações, de forma individualizada, como homicídio duplamente qualificado por motivo torpe e meio cruel, tortura, seis tentativas qualificadas de homicídio, seis crimes de sequestro, fraude processual e formação de quadrilha.
No dia 11 de janeiro de 2003, um grupo de índios Guarani Kaiowá, entre homens, mulheres e crianças, partiu do acampamento oficial, localizado próximo ao Rio Dourados, em direção às terras da Fazenda Brasília do Sul e ocupou uma pequena parte de suas terras, relatando que reconhecem aquele lugar como Terra de ocupação tradicional indígena da Comunidade Takuara.
Pela parte da tarde, no dia 12, receberam a “visita” do administrador da fazenda N. A. de O., o piloto O. P. M. e uma guarnição do Departamento de Operações da Fronteira - DOF, onde ficou acertado que os indígenas poderiam retirar madeira para lenha, bem como o término da montagem das barracas do acampamento, sendo que, ao final da tarde do domingo existiam cerca de 80 (oitenta) indígenas naquele local.
Relatou-se, ainda, que, junto ao portão de acesso à fazenda, chegaram jagunços e peões objetivando isolar o acampamento de comunicação externa. Neste instante, uma camionete de índios saiu do acampamento oficial e tentou entrar na propriedade (com o intuito de levar mantimentos para os acampados na fazenda), mas foram emboscados pelo grupo da porteira e alvejaram a camionete. O grupo de segurança permaneceu no local toda a noite, somente se juntando aos demais integrantes, no momento do ataque ao acampamento.
Pela madrugada de segunda-feira, aos 13 de janeiro, houve o ataque ao acampamento. Primeiramente, expulsou-se, sob forte violência, os índios, destacando-se a tortura contra o índio L. V. C., e, ainda, o aprisionamento de vários integrantes da família Veron.
Por volta das 5h, ainda na madrugada do dia 13, sete índios foram sequestrados, amarrados na carroceria de uma caminhonete e levados para um local distante da fazenda, onde passaram por sessão de tortura.
Um dos filhos do cacique Marcos Veron, L., quase foi queimado vivo. A filha do cacique, G., grávida de sete meses, foi arrastada pelos cabelos e espancada. Marcos Veron, na época com 72 anos, foi agredido com socos, pontapés e coronhadas de espingarda na cabeça, morrendo com traumatismo craniano.

O acusado N. A. de O. teria sido o autor do golpe que resultou no falecimento do cacique Marcos Veron, no dia 13 de janeiro de 2003, e teve sua prisão temporária decretada, porém, por se encontrar foragido, foi suspenso o processo e o prazo prescricional do mesmo. (N. passou 12 anos foragido apresentando-se à justiça somente em 23 de janeiro de 2015).
Por sua vez, o Egrégio Superior Tribunal de Justiça, pela sua 5ª Turma, indeferiu o pedido de Habeas Corpus a favor dos réus citados, principalmente em virtude da grande comoção social, da enorme repercussão do delito e do clamor público dele oriundo, além da periculosidade dos pacientes pelo modus operandi dos crimes atribuídos. Ainda, em razão da evasão praticada por alguns corréus e, também, por um dos pacientes residir em local próximo à fronteira Brasil-Paraguai, manteve-se o decreto prisional, a fim de se garantir a ordem pública e a aplicação da lei penal.
O Juízo Federal da Subseção Judiciária de Dourados, em 23 de abril de 2007, determinou que os réus citados seriam submetidos a julgamento pelo Tribunal do Júri, por todos os fatos delituosos imputados na denúncia.
Porém, tendo em vista a grande repercussão nacional e internacional provocada pelo brutal assassinato do cacique, alegada pelo Órgão Ministerial de 1ª instância, reiterada pelo acórdão do referido HC e endossada por relatórios do Conselho Indigenista Missionário (CIMI) e da Anistia Internacional, exigir-se-ia ainda mais um julgamento imparcial do caso, em razão de fatos que fundaram dúvidas sobre a imparcialidade do Tribunal do Júri da Subseção de Dourados/MS, quais sejam:

• segundo os autos do inquérito policial nº 2003.60.02.000728-8, os réus não teriam sido os únicos responsáveis pelos crimes praticados, havendo 24 (vinte e quatro) pessoas indiciadas pelos delitos praticados, dentre eles o próprio patrão dos réus e proprietário da fazenda e de outros imóveis rurais, no MS e em outros estados, que, segundo o MPF, possuía grande influência econômica e política na região, e que teria, inclusive, produzido provas falsas necessárias à defesa dos réus. Ainda, entre os demais indiciados, estavam outros peões daquela propriedade rural, assim como integrantes do Departamento de Operações de Fronteira - DOF e, ainda, jagunços contratados para a empreitada criminosa, segundo relatório da Polícia Federal em Naviraí/MS, em seu Inquérito Policial nº 008/03-DPF.B/NVI/MS, de 17.02.2003-14.09.2003).
  Narra, ainda, o MPF ações para forjar provas em favor dos réus.
• o Juiz Estadual do Tribunal do Júri da Comarca de Dourados/MS, teria praticado condutas em defesa dos interesses dos fazendeiros e dos réus, e contra os interesses das comunidades indígenas. Em sessão, proferiu discurso dirigido a pessoas que poderiam compor o conselho de sentença do dito Tribunal, acusando o requerente (MPF) de insuflador das invasões indígenas;
• houve uma moção de protesto da Assembleia Legislativa do Estado do Mato Grosso do Sul, em 2003, contra as invasões de propriedades particulares pelas comunidades indígenas;
• prestigiados veículos de imprensa sul-mato-grossense teriam divulgado conselhos desfavoráveis aos índios em geral, tendo sido o jornalista O. S. arrolado como testemunha dos réus, a ser ouvida perante o Tribunal do Júri, o qual não foi inquirido anteriormente no processo.
  Além disso, endossa a questão a Nota Técnica elaborada pelo Analista Pericial em Antropologia do MPF que, após extensa análise das circunstâncias que envolvem o julgamento, opina sobre a inconveniência e parcialidade daquele Juízo.
  Assim sendo, o MPF justifica o pedido de desaforamento, entendendo que o processo deveria ser transferido para a Seção Judiciária de São Paulo, por todos os motivos supramencionados de dúvida sobre a imparcialidade do júri local.
  Este julgamento foi o terceiro caso de desaforamento interestadual do Brasil.
  O Órgão Especial, por unanimidade, deferiu o pedido de desaforamento do julgamento da ação penal referida, nos termos do voto da Exma. Desembargadora Federal Diva Malerbi, no dia 11 de fevereiro de 2009. E, por maioria, determinou o deslocamento do julgamento para o Tribunal do Júri da 1ª Subseção Judiciária de São Paulo.