Foi criado pelo decreto nº 1 110, de 9 de julho de 1970, com a missão prioritária de realizar a reforma agrária, manter o cadastro nacional de imóveis rurais e administrar as terras públicas da União. A história do INCRA pode ser dividida em três períodos principais:

O primeiro vai da criação da autarquia ao fim do governo militar (1970–1984)
O segundo vai de José Sarney ao governo Itamar Franco (1985–1994)
O terceiro começa no primeiro mandato do presidente Fernando Henrique Cardoso e chega até os dias de hoje

Em 1964, os militares brasileiros incluíram a reforma agrária entre suas prioridades. Em 30 de novembro de 1964, o governo de Castelo Branco, após aprovação pelo Congresso Nacional, sancionou a lei nº 4.504,[2] que criava o "Estatuto da Terra", o Instituto Brasileiro de Reforma Agrária (IBRA) e o Instituto Nacional de Desenvolvimento Agrário (INDA), em substituição à antiga Superintendência de Reforma Agrária (SUPRA), criada em 1962,[3][4] durante o governo João Goulart. Em 9 de julho de 1970, o Decreto-lei nº 1.110[5] criou o Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra), a partir da fusão do IBRA com o INDA.[1]

A partir de 1970, o governo federal criaria também vários programas especiais de desenvolvimento regional, dentre os quais:

Programa de Integração Nacional - PIN (1970)
Programa de Redistribuição de Terras e de Estímulo à Agroindústria do Norte e Nordeste - PROTERRA (1971)
Programa Especial para o Vale do São Francisco - PROVALE (1972)
Programa de Polos Agropecuários e Agrominerais da Amazônia - POLAMAZÔNIA (1974)
Programa de Desenvolvimento de Áreas Integradas do Nordeste - POLONORDESTE (1974)

No início da década de 1980, o agravamento dos conflitos pela posse de terra na região Norte do Brasil resultou na criação do Ministério Extraordinário para Assuntos Fundiários e dos Grupos Executivos de Terras do Araguaia / Tocantins (GETAT) e do Baixo Amazonas (GEBAM).

Em 10 de outubro de 1985, o governo do presidente José Sarney elaborou o "Plano Nacional de Reforma Agrária" (PNRA), previsto no Estatuto da Terra. Criou-se, para isso, o Ministério Extraordinário para o Desenvolvimento e a Reforma Agrária (Mirad), mas, quatro anos depois, os resultados haviam sido pouco expressivos.

Em 1987, o Incra foi extinto e o Mirad, extinto em 1989. A responsabilidade pela reforma agrária passou para o Ministério da Agricultura. Em 29 de março de 1989, o Congresso Nacional recriou o Incra, rejeitando o decreto-lei que o extinguira, mas o órgão permaneceu semiparalisado, por falta de verba e de apoio político. O órgão ficou vinculado diretamente à Presidência da República, com a criação, em 29 de abril de 1996, do Ministério Extraordinário de Política Fundiária, ao qual imediatamente se incorporou o Incra.

Em 14 de janeiro de 2000, o decreto nº 3.338 criou o Ministério do Desenvolvimento Agrário.

O Ministério do Desenvolvimento Agrário teve sua estrutura regimental regulamentada conforme o decreto 5.033, de 5 de abril de 2004.[6]

Em maio de 2016, o então presidente Michel Temer transferiu o Incra e mais 5 secretarias responsáveis por políticas de reforma agrária do Ministério do Desenvolvimento Social e Agrário para a estrutura da Casa Civil.[7]