O Preserva São Paulo surgiu no final de 2005 como uma lista de discussões da internet que congregava apaixonados pela cidade, preocupados com o rápido desaparecimento de seu riquíssimo (porém pouco conhecido) patrimônio arquitetônico devido a uma grande onda de especulação imobiliária. Logo após sua criação, o Preserva teve que se mobilizar rapidamente para defender um imóvel de grande interesse histórico e arquitetônico que corria iminente risco de demolição: foi a campanha em defesa do Hotel das Bandeiras, um prédio de 1922 que em seus dias de glória hospedou pessoas ilustres, como o cantor Luiz Gonzaga. A campanha atraiu a atenção da imprensa, que realizou várias reportagens sobre o assunto, contribuindo para tornar o grupo mais conhecido. Infelizmente, mesmo assim e após um ano e meio de árdua luta, o prédio acabou sendo demolido. Enquanto isso o grupo foi crescendo, novas campanhas foram lançadas, diversas atividades foram realizadas, especialmente de educação patrimonial, como as “explorações urbanas”. Em dado momento, foi consenso entre os integrantes do grupo que era necessário transformar o que até então constituía um grupo aguerrido, porém informal, de cidadãos, em uma pessoa jurídica. Em fevereiro deste ano é realizada a Assembléia de Fundação da Associação Preserva São Paulo, registrada em 13 de abril.
No final de 2007, a Associação inaugurou seu primeiro escritório, na Rua Senador Feijó, 30, sala 607, em pleno Centro Histórico de São Paulo. Em janeiro de 2008, o Preserva São Paulo obteve do Ministério da Justiça o certificado de OSCIP - Organização da Sociedade Civil de Interesse Público.